Яндекс.Метрика

Статистика в биологии

Каждый слышит то, что понимает. Гете


"Люди перестают мыслить,
когда перестают читать
". Д. Дидро

Статистика посещаемости БИОМЕТРИКИ Яндекс
цитирования
Индекс цитирования

Наш адрес:

Выбрав любое изображение, кликните по нему мышкой, и Вы узнаете о статистике ...


Редактор БИОМЕТРИКИ
В. Леонов

  • 385
data-counter data-url="http://www.biometrica.tomsk.ru/">
Яндекс
цитирования
Яндекс цитирования
 

16.05.2011 г. на сайт пришло 2561 человек, открывших 3205 страниц
14.11.2011 г. на сайт пришло 2106 человек, открывших 3250 страниц
14.12.2011 г. на сайт пришло 2640 человек, открывших 3452 страницы
17.01.2012 г. на сайт пришло 2439 человек, открывших 3097 страниц
03.03.2012 г. на сайт пришло 2219 человек, открывших 3019 страниц
30.05.2012 г. на сайт пришло 3512 человек, открывших 4706 страниц
06.03.2014 г. на сайт пришло 2556 человек, открывших 3179 страниц
08.02.2015 г. на сайт пришло 2341 человек, открывших 2682 страницы

Если приходят, значит полезное находят...


Введение
Наши возможности. О возможностях статистического анализа
Леонов В.П. Ошибки статистического анализа биомедицинских данных. Международный журнал  медицинской практики, 2007, вып. 2, стр.19-35
Список научных и учебных изданий по биометрике и статистике
Материалы по науковедению
История биометрики
Статистическое рецензирование статей и диссертаций

Долгое прощание с лысенковщиной...
Семинар по биометрике в Красноярске



Если Вы сторонник использования
статистики, разместите на своём сайте
HTML-код нашего баннера:

BIOMETRICA - журнал для сторонников доказательной биологии и медицины
25 наиболее популярных ссылок, посещаемых нашими читателями
http://www.biometrica.tomsk.ru/comp_aver.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/erevan_8.html
http://www.biometrica.tomsk.ru/student.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/UNESCO%202010.pdf
http://www.biometrica.tomsk.ru/zakaz.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/zakaz_28.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/kk.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/erevan_3.html
http://www.biometrica.tomsk.ru/stat_cardio1.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/error.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/STAT_CARDIO_2014.pdf
http://www.biometrica.tomsk.ru/logit_9.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/stat_cardio7.htm

http://www.biometrica.tomsk.ru/potencial.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/percent_00.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/lis.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/kamchat.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/biometrica_15.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/zakaz_15.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/ftp/dict/cult/gramm.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/biometrica_15.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/stat_cardio5.htm
http://www.biometrica.tomsk.ru/krasnojarsk.htm http://www.biometrica.tomsk.ru/erevan_3.html
http://www.biometrica.tomsk.ru/logit_6.htm

БИОМЕТРИКА + Музыка. В. Леонов.

Музыка... Вот что сказал о ней великий Иоганн Себастьян Бах: "Цель музыки - трогать сердца". В детстве автор этих строк получил музыкальное образование. Любимыми инструментами были мандолина и гитара. Любимыми композиторами - Вивальди, Бах, Альбиони, Боккерини, Беллини, Корелли, Скарлатти. В 80-е годы прошлого столетия в Томск часто приезжал с концертами маэстро Владимир Спиваков. Эти концерты организовывал Егор Лигачёв, бывший в ту пору первым секретарём Томского обкома КПСС. На свой первый концерт в Томск Владимир Спиваков приехал один. Великолепно играл на скрипке! Концертный зал был переполнен слушателями, которые были в восторге от его концерта. Именно тогда мне удалось впервые встретиться с ним, и взять у него автографы на его грампластинки. В дальнейшем посещал все его концерты. В 1979 г. В. Спиваков организовал камерный оркестр "Виртуозы Москвы". Однажды в 90-е годы Владимир Спиваков должен был приехать в Томск с "Виртуозами Москвы", и в течение трёх дней дать 3 концерта. Однако из-за проблем с топливом в те времена, их самолёт посадили в Омске, где они пробыли 2 дня. И когда прилетели в Томск, то в один день провели все 3 концерта, которые я прослушал. И вновь взял автографы на новые грампластинки, и сделал много фотографий В. Спивакова.


Музыка...  Она помогает всегда. Вот почему я рассылаю почти всем своим корреспондентам файлы с хорошей музыкой. Любите музыку, слушайте её чаще. И она поможет лучше понимать бистатистику и результаты статистического анализа...

13 февраля 2014 г. Владимир Спиваков и "Виртуозы Москвы" дали концерт в Краснодаре. Я посетил этот прекрасный концерт, и вновь встретился с Владимиром Теодоровичем. Подарил ему его грампластики, фотографии, и свою книгу.

НАУКОМЕТРИКА СТАТИСТИЧЕСКОЙ ПАРАДИГМЫ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ БИОМЕДИЦИНЫ   (ПО МАТЕРИАЛАМ ПУБЛИКАЦИЙ). В.П.Леонов. Самая читаемая наша статья после отправки в мае м-це 2017 г. более 300 писем авторам статей мед. журналов о наличии в них примитивных и ошибочных методов статистического анализа, и получаемых при этом результатах...

Применение разведочного анализа для оценки исходных данных 
(на примере наблюдений по уролитиазу)

В.П.Леонов
Томский государственный университет

 

     Неудовлетворительный уровень статистической подготовки исследователей в области биомедицины, нередко порождает ситуации, когда огромный труд потраченный ими на проведение длительных и кропотливых экспериментов, оказывается бесполезным. Чаще всего это бывает связано с незнанием основных принципов теории планирования экспериментов, позволяющих за счёт разумной организации опытов получить максимум информации из минимума наблюдений [1-19]. Здесь можно провести аналогию с рядовым обывателем, который считает, что он отлично разбирается в двух областях: в политике и в медицине (когда он занимается самолечением...). Подобно такому обывателю многие исследователи в биомедицине наивно полагают, что главное не то, как организован и проведен эксперимент, а то, как проанализированы полученные данные. 

   Изначальная вера в то, что гипотеза, сформулированная до проведения экспериментов и анализа их результатов, обязательно найдет подтверждение, может в итоге приводить к тому, что такой  исследователь будет верить только тем результатам, которые "работают" на эту гипотезу. При этом адекватность статистических методов, которыми получены эти результаты, как правило, не интересует такого исследователя. Для подтверждения этой мысли сошлёмся на многочисленные экспонаты "Кунсткамеры", в которых приведены десятки примеров некорректного применения самых разнообразных статистических методов, описанных в статьях и диссертациях. Подобная практика ДДПП безусловно снижает эффективность таких исследований, и крайне затрудняет проведение эффективного статистического анализа полученных таким образом данных. 

Искреннее заблуждение таких незадачливых исследователей, что с помощью статистики можно (и нужно!) доказать их гипотезы, нередко ставит в затруднительное положение тех, к кому они обращаются с просьбами о проведении анализа. Из собственного опыта могу утверждать, что не менее половины таких исследователей при этом уже и "заказывают", какими должны быть полученные в результате анализа ответы на интересующие его вопросы. В этой связи мне особенно запомнилась одна из таких просьб, когда на основе подобных данных необходимо было найти подтверждение, что хряки-производители, которым скармливали автономный стимулятор ЖКТ, известный также  как "кремлевская таблетка",  давали более ценный и качественный семенной материал. (Такие исследования действительно проводили некоторое время тому назад в одном из животноводческих хозяйств вблизи г. Томска). К сожалению для автора этих данных, такая гипотеза на его материале подтверждения не нашла.

 В связи с этим очень важно ещё до проведения полномасштабного анализа такого рода данных оценить их перспективность для решения поставленных задач иследования. Для оценки такой перспективности, по нашему мнению, целесообразно уже на первом этапе знакомства с такими данными проведение разведочного анализа [20-27]. Как правило, подобные методы опираются на алгоритмы, в основе которых отсутствуют вероятностные представления. Многие алгоритмы такого анализа производят  агрегацию наблюдений или признаков и редукцию пространства исходных признаков [22]. В настоящей статье мы приведем пример использования подобного разведочного анализа на реальных данных. 

 Поводом для проведения экспериментов, в результате которых были получены анализируемые данные, послужили наблюдения заведующего отделом городского санэпиднадзора Томска Г.Г. Адамовича, обнаружившего прямую связь между заболеваемостью мочекаменной болезнью (уролитиазом) у томичей, которая за последние 10 лет возросла в десять раз, и жесткостью питьевой воды из водопровода после подключения областного центра к подземному водозабору. 

Анализируемая матрица данных представляла собой результаты наблюдений за 158 крысами, которых в течение определённого срока поили водой разного происхождения, в том числе дистиллированной, водопроводной, речной, из скважин и источников, а также водой, прошедшей обработку в специальных фильтрах. Состояние почек животных по окончании экспериментов оценивалось с помощью 40 качественных признаков. Исходная постановка эксперимента предполагала, что на основе полученных данных можно будет установить, в каких случаях наблюдались неблагоприятные изменения почек, а также связать эти изменения с химическим составом воды. При этом экспериментаторы исходили из предположения, что отличающийся состав и происхождение воды могут привести к появлению отдельных групп животных, между которыми наблюдаются существенные различия в состоянии почек. Таким образом, мы имеем задачу, при решении которой первоначально имеет смысл оценить неоднородность объектов выборки.

Далее, имеет смысл  оценить также и наличие группировок признаков. Поскольку  возможно выделение из 40 признаков гораздо меньшего количества признаков, по которым и наблюдаются основные отличия групп наблюдений. Используя процедуры разведочного анализа попытаемся качественно оценить перспективность этих данных для  решения  задач поставленных исследователями. Анализ проводился с использованием алгоритмов кластерного анализа и анализа соответствий Бензекри [20-21], реализованных в статистических пакетах SAS 6.12, SPSS 8.0  и  STATISTICA 5.14. 

Для решения первой задачи был использован кластерный анализ (манхэттенская метрика, алгоритм Варда), в результате которого была получена дендрограмма наблюдений, приведенная ниже.

Как известно, качество кластеризации можно оценить по графику пошагового изменения межкластерного расстояния. Хорошей локализации выделенных группировок отвечает график с резким изломом, т.е. почти горизонтальным участком на первой стадии кластеризации, и почти вертикальным участком на последних шагах Ниже приведен такой график для полученной дендрограммы. 

Оба графика позволяют говорить о том, что мы имеем дело с отдельными, локальными группами наблюдений. В зависимости от того, на каком значении межкластерного расстояния разрезать дендрограмму, мы имеем 4, 3 или 2 кластера. Такой результат позволяет сделать предварительное заключение, что различие в происхождении воды могло приводить к различию в состоянию почек подопытных животных.

 Аналогичная кластеризация признаков также показала наличие нескольких групп. Дендрограмма кластеризации 40 признаков приведена ниже.

Используя анализ соответствий Бензекри  мы получили распределение нагрузок исходных качественных признаков на осях  двух первых собственных значений. Ниже приводится график полученный для 40 исходных признаков, на котором можно наблюдать 4 группировки точек. 

Итак, результаты разведочного анализа, в ходе которого мы не ставили и не проверяли никаких статистических гипотез, позволяют надеяться, что этот массив данных содержит интересующую авторов исследования информацию.



 Автор благодарит старшего лаборанта кафедры гигиены Сибирского государственного медицинского университета Мотовилову Н.Ю. за предоставленный для анализа материал наблюдений.

Литература.
1. Адлер Ю.П., Маркова Е.В. Планирование эксперимента при поиске  оптимальных условий. - М.: Наука, - 1976, - 279 с. 

2. Ашмарин И.П. и др. Быстрые методы статистической обработки и планирования экспериментов. - Л.: ЛГУ, - 1975, - 76 с. 

3. Барабащук В.И., Креденцер Б.П., Мирошниченко В.И. Планирование эксперимента в технике. - Киев, Техника, 1984. - 200 с.

4. Бондарь А.Г., Статюха Г.А., Потяженко И.А. Планирование эксперимента при оптимизации процессов химической технологии. (Алгоритмы и примеры). -   Киев, "Вища школа", - 1980. - 264 с.

5. Денисов В.И., Попов А.А. Пакет программ оптимального планирования эксперимента. - М.: Финансы и статистика, 1986. - 159 с.

6. Джонсон Н., Лион Ф. Статистика и планирование эксперимента в технике и науке. Методы обработки данных. - М.: Мир, - 1980, - 616 с. 

7. Дэниел К. Применение статистики в промышленном эксперименте / Пер. с англ. М.: Мир, 1979. - 299 с.

8. Красовский Г.И., Филаретов Г.Ф. Планирование эксперимента. - Минск.: Изд-во   БГУ, 1982. - 302 с. 

9. Лисенков А.Н. Математические методы планирования многофакторных медико-биологических экспериментов. - М.: Медицина, - 1979, - 344 с. 

10. Львовский Е.Н. Статистические методы построения эмпирических формул: Учеб. Пособие. - М.: Высш. Школа, 1982. - 224 с.

11. Максимов В.Н. Многофакторный эксперимент в биологии. - М.: МГУ, - 1980, -  279 с. 

12. Налимов В.В., Голикова Т.И.. Логические основания планирования эксперимента. 2-е изд., перераб. И доп. М., "Металлургия", 1980. - 152 с.

13. Налимов В.В. Теория эксперимента. - М.: Наука, - 1971, - 208 с. 

14. Налимов В.В., Чернова Н.А. Статистические методы планирования экстремальных экспериментов. - М.: Наука, - 1965, - 340 с. 

15. Планирование эксперимента в биологии и сельском хозяйстве. /Под ред.   В.Н.Максимова. - М.: МГУ, - 1991, - 220 с. 

16. Рузинов Л.П. Статистические методы оптимизации химических процессов. - М.: Изд-во "Химия", - 1972. - 200 с.

17. Рузинов Л.П., Слободчикова Р.И. Планирование эксперимента в химии и химической технологии. - М.: Изд-во "Химия", - 1980. - 280 с.

18. Финни Д. Введение в теорию планирования экспериментов. Пер. с англ. М.: Наука, 1970. - 287 с.

19. Хартман К., Лецкий Э., Шефер В. Планирование эксперимента в исследовании технологических процессов. М.: Мир, 1977. - 552 с. 

20. Benzecri, J. P. (1973). L'Analyse des Donnees: T. 2, I' Analyse des correspondances. Paris: Dunod.

21. М. Жамбю. Иерархический кластер-анализ и соответствия/ Пер. с французского Б.Г. Миркина. - М.: Финансы и статистика, 1988. - 343 с.

22. Айвазян С.А., Бухштабер В.М., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д. Прикладная статистика: Классификация и снижение размерности. - М.: Финансы и статистика, 1988. - 607 с.

23. Методы анализа данных: Подход, основанный на методе динамических сгущений/ Пер. с французского. - М.: Финансы и статистика, 1988. - 357 с.

24. Фомин Я.А., Тарловский Г.Р. Статистическая теория распознавания образов. - М.: Радио и связь, 1986. - 254 с.

25. Патрик Э. Основы теории распознавания образов/Пер. с англ. - М.: Советское радио, 1980. - 408 с.

26. Статистические методы для ЭВМ/Под ред. К.Энслейна, Э.Рэлстона, Г.С.Уилфа: Пер. с англ./Под ред. М.Б.Малютова. - М.: Наука. 1986. - 464 с.

27. Мандель И.Д. Кластерный анализ. - М.: Финансы и статистика. 1988. - 176 с.



© 2000. В.Леонов

 

 

 

  Центр БИОСТАТИСТИКА
выполняет статистический анализ экспериментальных данных уже более 30 лет. В его составе исследователи России, США, Израиля, Англии, Канады и других стран. Нашими услугами пользуются аспиранты и докторанты по медицине, биологии, социологии, психологии и т.д. (
См. далее )

Отзывы заказчиков по
статистическому анализу
данных

23 примера оформления Заказчиками своих данных, их описания, и описания своих целей исследования

Сравниваем средние, а также и ... В. Леонов

     Исследователям в медицине и биологии весьма большую пользу приносит сравнение не только групповых средних, но также и иных параметров. Такими новыми сравнениями являются проверки равенства дисперсий, коэффициентов корреляции, коэффициентов регрессии или векторов групповых средних, сравнение групп многомерными методами, и т.д. В статье объяснена большая ценность обнаружения не нормального распределения признака. Показано, что не нормальное распределение количественного признака, означает наличие взаимосвязей данного признака с другими признаками. Что является важнейшим аргументом по формулировке списка проверки взаимосвязей важнейших признаков проводимого исследования. Специфика других сравнений хорошо иллюстрируется различными графиками, а также наличием списка литературы из 98 книг и статей, полезных для этой тематики. Причём более половины из них имеют ссылки на доступные в интернете данные издания. По традиции очередной годовщины нашего сайта, в две последние статьи размещены ещё и иные весьма полезные ссылки..


Проценты - статистический анализ? Или проценты - арифметический анализ? В. Леонов.


23 примера оформления данных, их описания и описания целей исследования


RusDASL - российская библиотека данных  для изучающих биометрику и биостатистику. DASL (The Data and Story Library ) - под такой аббревиатурой на веб-сайте Carnegie Mellon University размещена известная библиотека исходных статистических данных данных из различных отраслей науки. Теперь аналогичная библиотека открыта на БИОМЕТРИКЕ и для российских пользователей...


В ноябре 2013 года сайту БИОМЕТРИКА исполнилось 16 лет. А что было раньше? И что теперь?


Примеры отличных диссертаций и статей по медицине и биологии, с нашими результатами статистического анализа

В.В. Половинкин
ТОТАЛЬНАЯ МЕЗОРЕКТУМЭКТОМИЯ — ФАКТОР ПОВЫШЕНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ ЛЕЧЕНИЯ СРЕДНЕАМПУЛЯРНОГО И НИЖНЕАМПУЛЯРНОГО РАКА ПРЯМОЙ КИШКИ.

Н.Г. Веселовская 
КЛИНИЧЕСКОЕ И ПРОГНОСТИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ ЭПИКАРДИАЛЬНОГО ОЖИРЕНИЯ У ПАЦИЕНТОВ ВЫСОКОГО СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОГО РИСКА.

О.Я. Васильцева ЗАКОНОМЕРНОСТИ ВОЗНИКНОВЕНИЯ, КЛИНИЧЕСКОГО ТЕЧЕНИЯ И ИСХОДОВ ТРОМБОЭМБОЛИИ ЛЕГОЧНОЙ АРТЕРИИ ПО ДАННЫМ ГОСПИТАЛЬНОГО РЕГИСТРА ПАТОЛОГИИ.

В.А. Габышев 
ФИТОПЛАНКТОН КРУПНЫХ РЕК ЯКУТИИ И СОПРЕДЕЛЬНЫХ ТЕРРИТОРИЙ ВОСТОЧНОЙ СИБИРИ.

М.И. Антоненко
  ГИПЕРКОРТИЦИЗМ БЕЗ СПЕЦИФИЧЕСКИХ КЛИНИЧЕСКИХ СИМПТОМОВ: ЭПИДЕМИОЛОГИЯ, КЛИНИКА, ДИАГНОСТИКА.

Н.Г. Веселовская"ПРОГНОЗИРОВАНИЕ РИСКА РЕСТЕНОЗА КОРОНАРНЫХ АРТЕРИЙ ПОСЛЕ ИХ СТЕНТИРОВАНИЯ У ПАЦИЕНТОВ С ОЖИРЕНИЕМ"

М.А. Будникова АНАЛИЗ ДИНАМИКИ ЧАСТОТЫ И СПЕКТРА АНОМАЛИЙ МИТОЗА, МЕЙОЗА И ЭЛЕМЕНТОВ ПРОДУКТИВНОСТИ Allium cepa L., ВЗЯТОГО ИЗ АГРОПОПУЛЯЦИЙ С РАЗНОЙ АНТРОПОГЕННОЙ НАГРУЗКОЙ ( Дипломная работа )

И.А. Бирюкова Научно - практическая работа " ФАРМАКОЭКОНОМИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ РОЗНИЧНОГО РЫНКА ГОРОДА ОМСКА"

Г.А. Попова СРАВНИТЕЛЬНОЕ ИЗУЧЕНИЕ ПОДВИДОВ LINUM USITATISSIMUM L . В УСЛОВИЯХ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ. (диссертация на соискание учёной степени кандидата биологических наук).

А.Г. Сыркина Ретроспективный анализ эффективности и безопасности тромболитической терапии острого инфаркта миокарда у больных пожилого и старческого возраста (диссертация на соискание учёной степени кандидата медицинских наук).


В. Леонов. Цели, возможности, и проблемы использования биостатистики в доказательной медицине. Доклад на Конференции по доказательной медицине в Ереване «От доказательной медицины к доказательному здравоохранению» (24 - 26 сентября 2015 года).

Фоторепортаж с Конференции по доказательной медицине в Ереване.

Фоторепортаж с семинара по биометрике в Ереване, прошедшего после конференции по доказательной медицине (24 - 26 сентября 2015 года).

Отзывы слушателей семинара по биометрике в Ереване в сентябре 2015 г.


Новые полезные книги...

(Заказать книгу можно через издательство)

Ланг Т., Сесик М. Как описывать статистику в медицине. Руководство для авторов, редакторов и рецензентов. Пер. с англ. В.П. Леонова. 2016 - 480 с.

Петри А., Сэбин К. Наглядная медицинская статистика. Учебное пособие. 3-е издание. Пер. с англ. В.П. Леонова. 2015. - 216 с.

Банержи А. Медицинская статистика понятным языком: вводный курс. Издательство "Практическая медицина", 2014. - 287 с. Пер. с англ. В.П. Леонова.


1997 - 2018.© Василий Леонов. E-mail:

Доказательная или сомнительная? Медицинская наука Кузбасса: статистические аспекты.

Отклики читателей статьи "Доказательная или сомнительная?"

Возврат на главную страницу.

Возврат в КУНСТКАМЕРУ

Т. Кун "Структура научных революций"